稻田养殖小龙虾进行肥水同样的以基肥和追肥为主。

基肥:在稻田犁田之前将基肥施加到田面，然后随着犁田的时候被翻入到泥土中间去，这样可以让基肥在泥土中长久的慢慢的释放肥效。在大田中间这样施肥的主要目的就是保证田间种植的水稻能够获得比较充足的养份，在生长时不出现脱靶现象

而对于开挖出来的环形沟内，同样的也是需要施加基肥的。基肥在环形沟内以多点的形式进行堆放。堆放后进水30公分左右浸泡，让肥效释放并培养浮游生物。

在小龙虾投放后，稻田里基本就不要再用肥了，即便用肥也要注意不要使用对小龙虾有害的化肥，比如碳氨等。而养殖过程中稻田是需要进行肥水的，肥水的时候主要还是施加到环形沟内，以施加腐熟的有机肥为主，同时配合使用一些化肥，比如尿素或者磷肥。而且肥水时还要常使用EM菌、芽孢菌等有益菌来促进有机质的分解，净化水体，优化养殖的水体环境。